პოლკოვნიკ ბესიკ ქუთათელაძის სახელობის საჩხერის სამთო მომზადების სკოლის ბაზაზე, სადაც ამჟამად იგი მდებარეობს, 1991 წლის 1 ივნისს, დაარსდა მე-16 სამთო ბატალიონი, რომლის დაარსებას საფუძველი ჩაუყარა, საქართველოს ეროვნულმა გმირმა ბესიკ ქუთათელაძემ. საჩხერის მე-16 სამთო ბატალიონმა მინაწილეობა მიიღო საქართველოს ტერიტორიული მთლიანობის აღდგენისთვის ბრძოლაში, სადაც დაიღუპა 21 სამხედრო მოსამსახურე.
2004 წლის 17 თებერვალს, აღნიშნულ ბაზაზე დაარსდა საჩხერის სამთო მომზადება-გადამზადების სკოლა, ხოლო 2006 წლის 14 აგვისტოს ჩამოყალიბდა საჩხერის სამთო მომზადების სკოლა. საქართველოსა და საფრანგეთს შორის დადებული ორმხრივი ხელშეკრულების მიხედვით, საფრანგეთის სამთო მომზადების ცენტრის მოთხოვნების შესაბამისად, შემუშავდა სასწავლო კურსების პროგრამები. საერთაშორისო კურსები ტარდება გამოცდილი ქართველი ინსტრუქტორების მიერ, რომლებიც რეგულარულად გადიოდნენ სამთო მომზადებას ფრანგ ინსტრუქტორებთან სამი წლის განმავლობაში, სულ გაიარეს 6 დონე.
2010 წელს ჩრდილოატლანტიკურმა საბჭომ მიიღო დეკლარაცია , რომლის თანახმად საჩხერის სამთო მომზადების სკოლას მიენიჭა ნატო/პარტნიორობა მშვიდობისთვის მომზადების და განათლების ცენტრის სტატუსი.
საქართველოს თავდაცვის მინისტრის, 2014 წლის 29 მაისის #738 ბრძანების საფუძველზე, სკოლას მიენიჭა პოლკოვნიკ ბესიკ ქუთათელაძის სახელობის საჩხერის სამთო მომზადების სკოლის სახელი, რომელიც წარმოადგენს საქართველოს თავდაცვის ძალების, წვრთნებისა და სამხედრო განათლების სარდლობის დაქვემდებარებულ სტრუქტურულ სასწავლო დაწესებულებას.
2010 წლიდან დღემდე სკოლაში ტარდება საერთაშორისო კურსები ნატოს წევრი და პარტნიორი სახელმწიფოების სამხედრო მოსამსახურეებისათვის.
2010 წლიდან საჩხერის სამთო მომზადების სკოლამ თანამშრომლობა დაიწყო საქართველოს შინაგან საქმეთა სამინისტროსთან და მათ თანამშრომლებს ჩაუტარა შემდეგი სამთო მომზადების კურსები:
2011 - წლიდან სკოლაში ტარდება სამთო მომზადების ზამთრის/ზაფხულის საბაზისო და შუალედური კურსები.
2015 წელს ზემოთ აღნიშნულ კურსებს დაემატა ზაფხულის სამთო მომზადების ჯგუფის უფროსის კურსი.
გარდა ამისა, საქართველოს თავდაცვის ძალების ქვედანაყოფებისთვის სკოლაში მიმდინარეობდა შემდეგი სამთო მომზადების კურსები :
2018 წლიდან ზემოთ აღნიშნულ კურსებს დაემატა სამთო მომზადების ტაქტიკურ-ტექნიკური კურსი.
ამჟამად საჩხერის სამთო მომზადების სკოლა მსმენელებს სთავაზობს საერთაშორისო კურსების ფართო სპექტრს, რომელიც შექმნილია ნატო-ს წევრი და პარტნიორი ქვეყნების სამხედრო მოსამსახურეებისთვის "პარტნიორობა მშვიდობისათვის" პროგრამის ფარგლებში.
